Из-за своей расследовательской деятельности был арестован в 1997 году по обвинению в государственной измене. В 1998 году  Amnesty International  признала его «узником совести». В 1999 году по ложному обвинению осужден за превышение должностных полномочий, но освобожден из тюрьмы. В 2001 году Григорий Пасько был повторно осужден за государственную измену и через три года пребывания в колонии строгого режима освобожден условно-досрочно.

Григорий был корреспондентом «Радио Свобода», обозревателем «Новой газеты», преподавателем на факультете журналистики Московского государственного университета, редактором журналов «Экология и право», «Орел и решка», «Град семи морей». Автор и оператор видеофильма «Зона повышенной опасности» (о радиоактивных отходах на Тихоокеанском флоте, 1994 год), видеофильма «Buried at sea» (о строительстве газопровода «Северный поток», 2008 год). С 2012 года Григорий Пасько возглавляет Содружество журналистов-расследователей – Фонд 19/29.